Der Begriff „Mikrobiom“ bezeichnet die Gesamtheit aller Mikroorganismen (Bakterien, Pilze und Co.), die einen tierischen „Wirt“ – den Menschen oder andere Lebewesen – besiedeln und das Immunsystem, den Stoffwechsel und das Hormonsystem ihres Wirts beeinflussen können. Die Begriffe Mikrobiom und Mikrobiota werden oft synonym verwendet.